Proteomics

The research area Proteomics focuses on the analysis of proteins and peptides in biological data sets. Proteins are essential building blocks for every living organism and over the last years, mass spectrometry has become the method of choice for the analysis of those. To understand and investigate cell processes or gain new insights in illnesses triggered by certain proteins or the absence or oversupply of those, the identification and quantification of proteins in the tissue is of primary importance. Since 2011 and in close collaboration with the Mechtler group at the IMP, Vienna, our research group has focused on the area of computational proteomics and therein on the development of algorithms to identify proteins and peptides in biological samples. This has led to the emergence of the MS Amanda algorithm, a database search engine especially designed for high resolution data sets and perfectly capable of identifying chimeric spectra. In addition, we are currently working on a library search engine, MS Ana, that is able to identify peptides based on a previously created library of mass spectra with known peptide identifications. To complement that, also a search engine for the identification of peptides connected with a cleavable cross-linker, called MS Annika, is in progress.

 

 

Selected Publications

2019 Sebastian Dorl, Stephan M. Winkler, Karl Mechtler, and Viktoria Dorfer: MS Ana: A Spectral Library Search Engine Optimized for High-Accuracy Fragment Ion Data European Bioinformatics Community (EuBIC) Winter School 2019
2014 Viktoria Dorfer, Peter Pichler, Thomas Stranzl, Johannes Stadlmann, Thomas Taus, Stephan M. Winkler, and Karl Mechtler: MS Amanda, a Universal Identification Algorithm Optimized for High Accuracy Tandem Mass Spectra Journal of Proteome Research , Vol. 13 , pp. 3679-84

Selected Projects

PPI-ID

Ziel dieses Projekts ist die Entwicklung eines Frameworks zur Identifizierung und Quantifizierung cytosolischer Protein-Protein-Interaktionen in einer Zelle. Sowohl Protein-Protein-Interaktionen als auch deren Blockade sind an einer Vielzahl an Erkrankungen beteiligt (z.B. Tumore oder Allergien). Durch dieses Projekt soll die Erforschung dieser Interaktionen wesentlich erleichtert werden. Das Projekt wird durch die Kooperation der Forschungsgruppe Bioinformatik am Campus Hagenberg, des Protein Interaction Labs am Campus Wels und der Forschungsgruppe Protein Chemistry am Institut für Molekulare Pathologie in Wien ermöglicht. Schon die vorangegangenen Kooperationen dieser Projektpartner waren sehr erfolgreich und konnten die internationale Sichtbarkeit der FH OÖ deutlich erhöhen.

Die Förderung dieses Projekts soll eine Sprungbrettfunktion haben und eine langfristige Forschung durch darauffolgende Förderansuchen beim FWF und auch nachfolgende Firmenkooperationen in diesem Bereich starten. Dies wird ermöglicht durch ein junges, dynamisches Team mit ausgewogener Gender-Balance. Die Erforschung von Krankheitsauslösern stimmt perfekt mit der Strategie des Aktionsfeldes Gesundheit/Alternde Gesellschaft und Lebensmittel/Ernährung überein und somit passt dieses Projekt auch optimal zur F&E Strategie der FH OÖ.


Head

DI(FH) Viktoria Dorfer MSc

Researchers

Daniela Borgmann MSc
DI(FH) Viktoria Dorfer MSc
FH-Prof. Dr. Julian Weghuber
Prof.(FH) DI Dr. Stephan Winkler

Duration

2017-2018

Research Areas

Proteomics

Research Institutions

Research Center Hagenberg

University of Applied Sciences, Upper Austria, Hagenberg Campus

University of Applied Sciences, Upper Austria, Wels Campus

Research focus

Software technology and application

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