Immunology


In the research area Immunology we focus on the description and research of the human adaptive immune system.The human adaptive immune system plays a vital role in the detection of potential pathogens, diseases that are difficult or impossible to cure, such as various types of cancer and autoimmune diseases. We also rely on the functionality of our immune system during transplantation processes.One of the main tasks here is the identification and description of the components and signal pathways which lead to a specific immune reaction or which differ in diseased and supposedly healthy individuals. This makes an important contribution to the explainability of various diseases and the development of new, innovative therapies.The latest technologies in molecular biology generate large amounts of data that have to be analyzed efficiently. We here mainly deal with the analysis of genetic data. This includes the analysis of gene expressions, database analyses and the identification of mutations. The main focus is on diseases such as leukemia, but also organ rejection reactions and infectionswith various pathogens such as Helicobacter pylori.Since 2012, we have been developing the ImmunExplorer software, which enables algorithms for the analysis of the human immune repertoire, the immunoglobulins and T-cell receptors, from blood and tissue data. An extensive expansion and continuation of ImmunExplorer, namely ImmunoDataAnalyzer, will be published soon in 2020. In close cooperation with our partners at MedUni Vienna, AKH Vienna, University of Salzburg and the Hospital of the Barmherzigen Brüder we strive to advance the research area and intensify national and international cooperation.


Selected Publications
2021 | Constantin Aschauer, Kira Jelencsics, Karin Hu, Andreas Heinzel, Mariella Gloria Gregorich, Julia Vetter, Susanne Schaller, Stephan Winkler, Johannes Weinberger, Lisabeth Pimenov, Guido A. Gualdoni, Michael Eder, Alexander Kainz, Anna Regina Tröscher, Heinz Regele, Roman Reindl-Schwaighofer, Thomas Wekerle, Johannes Bernhard Huppa, Megan Sykes, Rainer Oberbauer: | Prospective tracking of donor-reactive T-cell clones in the circulation and rejecting human kidney allografts | Frontiers in Immunology, section Alloimmunity and Transplantation |
2019 | Roman Reindl-Schwaighofer, Julia Vetter, Johannes Weinberger, Susanne Schaller, Andreas Heinzel, Guido Gualdoni, Constantin Aschauer, Kira Jelencsics, Karin Hu, Stephan M. Winkler, and Rainer Oberbauer: | T-Cell Repertoire of Tissue Infiltrating T-cells at Time of Rejection | American Transplant Congress 2019 |
Selected Projects
Transplant
Im Rahmen des Regio 13 Projekts "Transplant – Marker für humorale und zelluläre Abstoßung nach Nierentransplantation" (Konsortialführer: Blutzentrale des OÖRK) wird erforscht, ob und wie sich Next-Generation Sequencing (NGS) von B- und T-Zell-Rezeptoren dazu eignet, den Zustand von Nierentransplantaten schneller und spezifischer zu untersuchen. Ziel ist eine deutliche Verbesserung des Transplantatmonitorings sowie die Erhöhung der Funktionsdauer von transplantierten Organen.
Aufgabe der Forschungsgruppe Bioinformatik in diesem Projekt ist die Entwicklung und Implementierung von Algorithmen für die Zuordnung von Gen-Sequenzen zu bestimmten Gen-Gruppen, um eine Aussage über das genetische Variationsspektrum der vorhandenen Immunzellen treffen zu können. Aufbauend auf Daten von der IMGT-Datenbank wird nach einem oder mehreren dominanten Klonen gesucht; sollte sich ein Klon in der Quantität seines Auftretens signifikant von den anderen unterscheiden, so ist dies ein Zeichen dafür, dass entweder eine gerichtete (z.B. Organabstoßung) oder ungerichtete (z.B. Lymphome) Proliferation einer B- oder T-Zelle im Gange ist.
Head
Prof.(FH) DI Dr. Stephan Winkler
Researchers
Susanne Schaller MMSc
Johannes Weinberger
Martin Danzer
Prof.(FH) DI Dr. Stephan Winkler
Duration
2013 - present
Research Areas
DataScience
Immunology
Research Institutions
Research Center Hagenberg
University of Applied Sciences, Upper Austria, Hagenberg Campus
Blutzentrale Linz
Research focus
Software technology and application |