Projects

Transplant

Head Prof.(FH) DI Dr. Stephan Winkler
Researchers

Susanne Schaller MMSc.
Johannes Weinberger
Martin Danzer
Prof.(FH) DI Dr. Stephan Winkler

Duration 2013 - present
Research focus Software technology and application 
Research institutions University of Applied Sciences, Upper Austria, Hagenberg Campus
Blutzentrale Linz
Research Center Hagenberg
Project description

Im Rahmen des Regio 13 Projekts "Transplant – Marker für humorale und zelluläre Abstoßung nach Nierentransplantation" (Konsortialführer: Blutzentrale des OÖRK) wird erforscht, ob und wie sich Next-Generation Sequencing (NGS) von B- und T-Zell-Rezeptoren dazu eignet, den Zustand von Nierentransplantaten schneller und spezifischer zu untersuchen. Ziel ist eine deutliche Verbesserung des Transplantatmonitorings sowie die Erhöhung der Funktionsdauer von transplantierten Organen.

Aufgabe der Forschungsgruppe Bioinformatik in diesem Projekt ist die Entwicklung und Implementierung von Algorithmen für die Zuordnung von Gen-Sequenzen zu bestimmten Gen-Gruppen, um eine Aussage über das genetische Variationsspektrum der vorhandenen Immunzellen treffen zu können. Aufbauend auf Daten von der IMGT-Datenbank wird nach einem oder mehreren dominanten Klonen gesucht; sollte sich ein Klon in der Quantität seines Auftretens signifikant von den anderen unterscheiden, so ist dies ein Zeichen dafür, dass entweder eine gerichtete (z.B. Organ­abstoßung) oder ungerichtete (z.B. Lymphome) Proliferation einer B- oder T-Zelle im Gange ist.

Additional website & software
ImmunExplorer v. 1.0